Dalam rangka penguatan risetnya, Departemen TIP juga telah memiliki 4 kelompok riset, sebagai dasar pengembang keilmuan interdisipliner dengan program studi lain, baik didalam Fakultas Teknologi Pertanian sendiri, maupun dengan fakultas lain di UGM. Keempat kelompok riset tersebut antara lain:
- Operations Supply Chain Risk Management (OSCRM)
- Quality Improvement of Agro-industrial Products (QIAP)
- Sustainable Agro-industrial System (SAiS)
- Entrepreneurship and SMEs Development (ESDe)